La Lanterna fu costruita come faro di segnalazione per i marinai, ma è stata, ed è tuttora, avamposto militare (la torre superiore è oggi proprietà della Marina Militare Italiana). Una legge del 1161 obbligava ogni nave a versare una tassa per il mantenimento dei fuochi di segnalazione, che venivano però anche usati per comunicare con gli avamposti di difesa sulla costa e nell’entroterra. È per questo che fu spesso oggetto di contesa tra le varie fazioni politiche della città (per esempio nelle lotte tra Guelfi e Ghibellini nel 1318). Quando agli inizi del Cinquecento Genova si ritrovò sotto il dominio francese, Luigi XII fece innalzare, proprio a ridosso della torre, la fortezza della Briglia per controllare la città. Nella lotta per l’indipendenza, fu distrutta dai genovesi a costo di gravi danni per il faro che venne infine ricostruito come lo vediamo noi oggi, solo nel 1544.
Nel 1536 la cinta delle mura cittadine seguiva con molta precisione il perimetro della città costruita. Questa vicinanza con gli edifici abitati comportava tuttavia un grosso limite alla sicurezza, in quanto le artiglierie nemiche di nuova concezione erano in grado di creare danni rilevanti agli edifici troppo esposti agli attacchi di un eventuale esercito nemico. È così che nel 1625 si decise di costruire una nuova cinta di mura capace di difendere adeguatamente la città: due bracci che dal mare – uno partiva dalla Lanterna – salgono ancora oggi fino alla cima di monte Peralto, sfruttando la favorevole conformazione del terreno che crea una sorta di anfiteatro naturale intorno al golfo. Genova divenne in breve tempo una delle città meglio fortificate d’Europa: lunga quasi 20 chilometri, di cui circa sette lungo la linea di costa, strutturata su un insieme di 16 forti principali e 85 bastioni, racchiude un’area di 903 ettari.